El modelo de planificación de la gestión de la Red Natura 2000 en Castilla y León es un sistema de gestión planificada en cascada, que integra el conjunto de instrumentos de planificación dentro de un esquema jerárquico.

El primer nivel de gestión, que se corresponde con una planificación estratégica, se compone de los siguientes instrumentos de planificación:

• Plan Director: es un plan marco que trata los aspectos administrativos y de gestión de la red Natura en su conjunto.
• Planes Básicos de Gestión de Valores: establecen la estrategia para garantizar la conservación o el restablecimiento del estado de conservación favorable cada valor Natura 2000 en el ámbito regional.
• Planes Básicos de Gestión de Espacios Red Natura 2000: son los instrumentos de gestión de carácter básico que describen cada uno de los EP, identifican sus valores esenciales y los condicionantes para su gestión, establecen prioridades y objetivos de conservación y proponen el marco de gestión necesario para el cumplimiento de los objetivos de conservación. Con la aprobación de estos planes se podrán declarar las Zonas de Especial Conservación (ZEC) a partir de la lista de Lugares de Interés Comunitario (LIC) aprobados en Castilla y León. Por tanto, establecen el marco de referencia para la gestión de las ZEC y ZEPA.

Para aquellos espacios Natura 2000 que requieran una mayor intensidad de gestión, como es el caso de los espacios incluidos en el Proyecto LIFE “MEDWETRIVERS”, se incorpora un segundo nivel de gestión, que se corresponde con una planificación operativa y que se compone de los siguientes instrumentos de planificación:

• Planes de Gestión: definen unos objetivos de gestión específicos (operativos) a partir de los objetivos de conservación (hábitats y especies por las que se ha designado el lugar) y del diagnóstico de su estado de conservación, que deberán ser alcanzados en el periodo de vigencia del plan. Se establecen también las medidas necesarias para su consecución, que pueden ser de carácter activo o preventivas, así como los sistemas de seguimiento y evaluación de sus resultados.  En función de las diferentes necesidades de protección de los valores que alberga un espacio, podría ser pertinente el establecimiento de una zonificación. Los Planes de Gestión pueden ser de un solo espacio Natura 2000 o ser instrumentos comunes para un conjunto de espacios que comparten condiciones ecológicas, hábitats y especies, y contemplar medidas comunes a todos los espacios y medidas específicas cuando sean necesarias.
• Otros instrumentos: Además de los instrumentos elaborados expresamente para la gestión operativa, como son los referidos Planes de Gestión, se podrán considerar instrumentos de gestión de la red Natura 2000, los planes que incluyan medidas de gestión red Natura 2000, tales como, los Planes de Ordenación de los Recursos Naturales (PORN), los Planes Rectores de Uso y Gestión (PRUG), los Planes de Manejo de las Espacies Amenazadas, los Planes de Ordenación de los Recursos Forestales (PORF), los Programas de Gestión de Zonas Húmedas Catalogadas y los Planes de Ordenación de Montes.

De los 57 espacios Natura 2000 que se incluyen en el proyecto LIFE “MEDWETRIVERS” sólo el LIC/ZEPA Lagunas del Canal de Castilla (ES40000205) tiene aprobado un Plan de Gestión Operativo, mediante Resolución de 27 de diciembre de 2010, de la Dirección General del Medio Natural, por la que se aprueba el Plan de Gestión de las Zonas Húmedas del Canal de Castilla (BOCyL 28-12-2010). Existen 10 espacios (4 LIC, 4 ZEPA y 2 LIC/ZEPA) que solapan en un porcentaje muy alto con 6 espacios incluidos en la Red de Espacios Naturales de Castilla y León (REN) –Arribes del Duero, Hoces del Río Riaza, Hoces del Río Duratón, Cañón del Río Lobos, Riberas de Castronuño y Lagunas de Villafáfila), cuyos planes de gestión operativos estarán formados por  los correspondientes Planes de Ordenación de los Recursos Naturales (PORN) y Planes Rectores de Uso y Gestión (PRUG) de cada espacio concreto de la REN. Para los 46 espacios Natura 2000 restantes, se elaboran los correspondientes Planes de Gestión individuales o, si se da el caso, Planes de Gestión comunes para el conjunto de espacios que compartan condiciones ecológicas, hábitats y especies.